Bakalářská práce se věnuje organizaci a dynamice minus konců mikrotubulů u želvušek. V práci jsou popsány jednotlivé proteiny minus konců mikrotubulů a jejich význam. Pomocí programu BLAST v lokální databázi jsou vybrány cytoskeletálních proteiny želvušek. Výsledná data jsou zpracována, vyhodnocena a prodiskutována.
Anotace v angličtině
The bachelor thesis focuses on the organization and dynamics of microtubule minus ends in tardigrades. The thesis describes individual proteins associated with microtubule minus ends and their significance. Using the BLAST program on a local database, cytoskeletal proteins of tardigrades are selected. The resulting data are analyzed, evaluated, and discussed.
Klíčová slova
želvušky, kryptobióza, cytoskelet, mikrotubuly, minus konce mikrotubulů, proteiny minus konce mikrotubulů
Bakalářská práce se věnuje organizaci a dynamice minus konců mikrotubulů u želvušek. V práci jsou popsány jednotlivé proteiny minus konců mikrotubulů a jejich význam. Pomocí programu BLAST v lokální databázi jsou vybrány cytoskeletálních proteiny želvušek. Výsledná data jsou zpracována, vyhodnocena a prodiskutována.
Anotace v angličtině
The bachelor thesis focuses on the organization and dynamics of microtubule minus ends in tardigrades. The thesis describes individual proteins associated with microtubule minus ends and their significance. Using the BLAST program on a local database, cytoskeletal proteins of tardigrades are selected. The resulting data are analyzed, evaluated, and discussed.
Klíčová slova
želvušky, kryptobióza, cytoskelet, mikrotubuly, minus konce mikrotubulů, proteiny minus konce mikrotubulů
2. Vyhledání homologů vybraných cytoskeletálních proteinů pomocí programu BLAST v lokální databázi dostupných genomů a transkriptomů želvušek a jejich následná fylogenetická analýza.
3. Přehledné zpracování výsledků a jejich diskuze.
Zásady pro vypracování
1. Vypracování literární rešerše.
2. Vyhledání homologů vybraných cytoskeletálních proteinů pomocí programu BLAST v lokální databázi dostupných genomů a transkriptomů želvušek a jejich následná fylogenetická analýza.
3. Přehledné zpracování výsledků a jejich diskuze.
Seznam doporučené literatury
Novotná Floriančičová, K. et al. Phylogenetic and functional characterization of water bears (Tardigrada) tubulins. Sci. Rep.13, 5194 (2023).
Taly, J. F. et al. Using the T-Coffee package to build multiple sequence alignments of protein, RNA, DNA sequences and 3D structures. Nat. Protoc.6, 1669–1682 (2011).
Schill, R. O. Water Bears: The Biology of Tardigrades. vol. 2 (Springer International Publishing, 2018).
Akhmanova, A. & Steinmetz, M. O. Microtubule minus-end regulation at a glance. J. Cell Sci.132, 1–7 (2019).
Wu, J. & Akhmanova, A. Microtubule-Organizing Centers. Annu. Rev. Cell Dev. Biol.33, 51–75 (2017).
Martin, M. & Akhmanova, A. Coming into Focus: Mechanisms of Microtubule Minus-End Organization. Trends Cell Biol.28, 574–588 (2018).
Thawani, A. & Petry, S. Molecular insight into how γ-TuRC makes microtubules. J. Cell Sci.134, (2021).
Thawani, A., Kadzik, R. S. & Petry, S. XMAP215 is a microtubule nucleation factor that functions synergistically with the γ-tubulin ring complex. Nat. Cell Biol.20, 575–585 (2018).
Petry, S. & Vale, R. D. Microtubule nucleation at the centrosome and beyond. Nat. Cell Biol.17, 1089–1093 (2015).
Song, J.-G. et al. Mechanism of how augmin directly targets the γ-tubulin ring complex to microtubules. J. Cell Biol.217, 2417–2428 (2018).
Sanchez, A. D. & Feldman, J. L. Microtubule-organizing centers: from the centrosome to non-centrosomal sites. Curr. Opin. Cell Biol.44, 93–101 (2017).
Würtz, M. et al. Modular assembly of the principal microtubule nucleator γ-TuRC. Nat. Commun.13, (2022).
Ali, A., Vineethakumari, C., Lacasa, C. & Lüders, J. Microtubule nucleation and γTuRC centrosome localization in interphase cells require ch-TOG. Nat. Commun.14, 24–26 (2023).
Vineethakumari, C. & Lüders, J. Microtubule Anchoring: Attaching Dynamic Polymers to Cellular Structures. Front. Cell Dev. Biol.10, 1–11 (2022).
Seznam doporučené literatury
Novotná Floriančičová, K. et al. Phylogenetic and functional characterization of water bears (Tardigrada) tubulins. Sci. Rep.13, 5194 (2023).
Taly, J. F. et al. Using the T-Coffee package to build multiple sequence alignments of protein, RNA, DNA sequences and 3D structures. Nat. Protoc.6, 1669–1682 (2011).
Schill, R. O. Water Bears: The Biology of Tardigrades. vol. 2 (Springer International Publishing, 2018).
Akhmanova, A. & Steinmetz, M. O. Microtubule minus-end regulation at a glance. J. Cell Sci.132, 1–7 (2019).
Wu, J. & Akhmanova, A. Microtubule-Organizing Centers. Annu. Rev. Cell Dev. Biol.33, 51–75 (2017).
Martin, M. & Akhmanova, A. Coming into Focus: Mechanisms of Microtubule Minus-End Organization. Trends Cell Biol.28, 574–588 (2018).
Thawani, A. & Petry, S. Molecular insight into how γ-TuRC makes microtubules. J. Cell Sci.134, (2021).
Thawani, A., Kadzik, R. S. & Petry, S. XMAP215 is a microtubule nucleation factor that functions synergistically with the γ-tubulin ring complex. Nat. Cell Biol.20, 575–585 (2018).
Petry, S. & Vale, R. D. Microtubule nucleation at the centrosome and beyond. Nat. Cell Biol.17, 1089–1093 (2015).
Song, J.-G. et al. Mechanism of how augmin directly targets the γ-tubulin ring complex to microtubules. J. Cell Biol.217, 2417–2428 (2018).
Sanchez, A. D. & Feldman, J. L. Microtubule-organizing centers: from the centrosome to non-centrosomal sites. Curr. Opin. Cell Biol.44, 93–101 (2017).
Würtz, M. et al. Modular assembly of the principal microtubule nucleator γ-TuRC. Nat. Commun.13, (2022).
Ali, A., Vineethakumari, C., Lacasa, C. & Lüders, J. Microtubule nucleation and γTuRC centrosome localization in interphase cells require ch-TOG. Nat. Commun.14, 24–26 (2023).
Vineethakumari, C. & Lüders, J. Microtubule Anchoring: Attaching Dynamic Polymers to Cellular Structures. Front. Cell Dev. Biol.10, 1–11 (2022).