Diplomová práce se zabývá stanovením vlastností hydrátů solí z molekulárních simulací. Zaměřuje se na vyvinutí metodiky pro určení parametrů krystalové mříže
a atomových výchylek z molekulárních simulací s použitím polarizovatelných modelů
iontů, která se aplikuje na krystal hydrohalitu. První část popisuje použité modely a simulační metody a teoretické poznatky o parametrech krystalové mříže a atomových výchylek. Druhá část popisuje navrženou metodiku a výsledky parametrů získané ze simulací, které jsou porovnány s experimentálními údaji z literatury.
Anotace v angličtině
The thesis deals with the determination of properties of salt hydrates from molecular simulations. It focuses on developing a methodology for determining crystal lattice parameters and atomic displacements from molecular simulations using polarizable ion models, which is applied to a hydrohalite crystal. The first part describes the models and simulation methods used and the theoretical knowledge of the crystal lattice parameters and atomic displacements. The second part describes the proposed methodology and the parameter results obtained from the simulations, which are compared with experimental data from the literature.
Diplomová práce se zabývá stanovením vlastností hydrátů solí z molekulárních simulací. Zaměřuje se na vyvinutí metodiky pro určení parametrů krystalové mříže
a atomových výchylek z molekulárních simulací s použitím polarizovatelných modelů
iontů, která se aplikuje na krystal hydrohalitu. První část popisuje použité modely a simulační metody a teoretické poznatky o parametrech krystalové mříže a atomových výchylek. Druhá část popisuje navrženou metodiku a výsledky parametrů získané ze simulací, které jsou porovnány s experimentálními údaji z literatury.
Anotace v angličtině
The thesis deals with the determination of properties of salt hydrates from molecular simulations. It focuses on developing a methodology for determining crystal lattice parameters and atomic displacements from molecular simulations using polarizable ion models, which is applied to a hydrohalite crystal. The first part describes the models and simulation methods used and the theoretical knowledge of the crystal lattice parameters and atomic displacements. The second part describes the proposed methodology and the parameter results obtained from the simulations, which are compared with experimental data from the literature.
Cílem práce je vyvinout metodiku pro stanovení parametrů krystalové mříže hydrátů solí z molekulárních simulací s použitím nejpřesnějších dostupných polarizovatelných modelů iontů. Jedná se o délky hran základní buňky krystalové mříže, úhly mezi těmito hranami a koeficienty anizotropních termálních výchylek atomů z rovnovážných poloh.
Vyvíjená výpočetní metoda bude zahrnovat: a) Vhodné nastavení počátečních a okrajových podmínek pro simulaci krystalu. b) Vhodný postup pro určení délkových a úhlových parametrů krystalické mříže. c) Implementaci rovnic pro výpočet anizotropních termálních výchylek atomů z rovnovážných poloh.
Metodika bude aplikována na molekulární simulaci krystalu hydrohalitu za vhodně zvolených termodynamických podmínek a výsledky budou porovnány s experimentálními daty z literatury.
Zásady pro vypracování
Cílem práce je vyvinout metodiku pro stanovení parametrů krystalové mříže hydrátů solí z molekulárních simulací s použitím nejpřesnějších dostupných polarizovatelných modelů iontů. Jedná se o délky hran základní buňky krystalové mříže, úhly mezi těmito hranami a koeficienty anizotropních termálních výchylek atomů z rovnovážných poloh.
Vyvíjená výpočetní metoda bude zahrnovat: a) Vhodné nastavení počátečních a okrajových podmínek pro simulaci krystalu. b) Vhodný postup pro určení délkových a úhlových parametrů krystalické mříže. c) Implementaci rovnic pro výpočet anizotropních termálních výchylek atomů z rovnovážných poloh.
Metodika bude aplikována na molekulární simulaci krystalu hydrohalitu za vhodně zvolených termodynamických podmínek a výsledky budou porovnány s experimentálními daty z literatury.
Seznam doporučené literatury
1. Dočkal, J., Lísal, M., Moučka, F., Journal of Chemical Theory and Computation 16 (6), 3677-3688, 2020.
2. Trueblood, K. N., Burgi, H.-B., Burzlaff, H., Dunitz, J. D., Gramaccioli, C. M., Schulz, H. H., Shmueli, U., Abrahams, S. C., Acta Cryst. A52, 770-781, 1996.
3. Bode, A. A. C., Pulles, P. G. M., Lutz, M., Poulisse W. J. M., Jiang S., Meijer, J. A. M. , van Enckevort, W. J. P., Vlieg, E., Crystal Growth & Design 15 (7), 3166-3174, 2015.
1. Dočkal, J., Lísal, M., Moučka, F., Journal of Chemical Theory and Computation 16 (6), 3677-3688, 2020.
2. Trueblood, K. N., Burgi, H.-B., Burzlaff, H., Dunitz, J. D., Gramaccioli, C. M., Schulz, H. H., Shmueli, U., Abrahams, S. C., Acta Cryst. A52, 770-781, 1996.
3. Bode, A. A. C., Pulles, P. G. M., Lutz, M., Poulisse W. J. M., Jiang S., Meijer, J. A. M. , van Enckevort, W. J. P., Vlieg, E., Crystal Growth & Design 15 (7), 3166-3174, 2015.