Informace o kvalifikační práci Hlenky jako laboratorní model: izolace z přírodního materiálu, kultivace na E. coli jako zdroji výživy, pokus o izolaci axenických kultur a příprava metodiky sledování bakteriolytické aktivity
- Všechny požadované údaje o této VŠKP jsou vyplněny.
Hlavní téma
Hlenky jako laboratorní model: izolace z přírodního materiálu, kultivace na E. coli jako zdroji výživy, pokus o izolaci axenických kultur a příprava metodiky sledování bakteriolytické aktivity
Hlavní téma v angličtině
Slime mold as laboratory model: isolation from organic materials, cultivation on E. coli as a source of nutrituion, attempt to isolate axenic cultures and preparation of methodology for monitoring of bacteriolytic aktivity
Název dle studenta
Hlenky jako laboratorní model: izolace z přírodního materiálu, kultivace na E. coli jako zdroji výživy, pokus o izolaci axenických kultur a příprava metodiky sledování bakteriolytické aktivity
Název dle studenta v angličtině
Slime mold as laboratory model: isolation from organic materials, cultivation on E. coli as a source of nutrituion, attempt to isolate axenic cultures and preparation of methodology for monitoring of bacteriolytic aktivity
Diplomová práce zahrnuje 2 hlavní aktivity: 1) optimalizaci kultivačních podmínek Polysphondylium pallidum jako modelového taxonu in vitro a 2) terénní průzkum diverzity myxomycetů na modelové lokalitě.
Práce zaměřené na optimalizaci kultivačních podmínek byly provedeny v laboratoři a zahrnovaly studium vlivu pH živného media, vliv bakterie E. coli jako zdroje výživy, vliv světelných podmínek a vliv teploty na růst Polysphondylium pallidum.
Výsledkem optimalizace kultivačních podmínek byl optimální růst kultury Polysphondylium pallidum na ovesném živném mediu při hodnotě pH 7 a při teplotě prostředí 23°C. Přítomnost bakterie E. coli podstatným způsobem měnila růst kultury. Vliv světelných podmínek nebyl zcela prokázán.
Byl prováděn terénní průzkum výskytu myxomycetů na území evropsky významné lokality Horní Kamenice mezí obcí Mlýny a městem Česká Kamenice a evropsky významné lokality Studenec. Obě lokality jsou součástí CHKO Lužické hory. Na lokalitách bylo celkem nalezeno 12 druhů hlenek. K nejčastěji nalezeným druhům patří Arcyria cinerea, Stemonitis fusca a Ceratiomyxa fruticulosa var. fruticulosa. Většina druhů rostla na borce listnatých stromů. Ojedinělým nálezem je druh Licea testudinacea, o němž dosud není žádný záznam o výskytu v České republice. Zmiňovaný druh byl vypěstován ve vlhké komůrce na tlející borce Fagus sylvatica
Anotace v angličtině
The diploma thesis includes 2 main activities: 1) optimization of cultivation conditions of Polysphondylium pallidum as a model taxon in the in vitro environment and 2) field research of slime mold diversity in a model locality.
The optimization of the cultivation conditions was carried out in the laboratory and included the study of the effect of pH of nutrient medium, the effect of E. coli as a source of nutrition, the influence of light conditions and the influence of temperature on the growth of culture of Polysphondylium pallidum.
This work resulted in optimal growth of the culture on oat nutrient medium at pH 7 under the temperature 23 °C. E. coli substantially affectedthe growth of Polysphondylium pallidum culture. The effect of the light conditions has not been fully demonstrated.
The field survey of the occurrence of myxomycetes was carried out in the territory of Special Area of Conservation Horní Kamenice between the towns Mlýny and Česká Kamenice and Special Area of Conservation Studenec. Both sites are parts of the CHKO Lužické hory (Lusatian Mountains). A total of 12 slime mold species were found at the mentioned localities. The most commonly found species include Arcyria cinerea, Stemonitis fusca andCeratiomyxa fruticulosa var. fruticulosa. Most species grew on the bark of deciduous trees. A unique finding is the species Licea testudinacea. This species still has no record of occurrence in the Czech Republic. The species was grown in a humid chamber on a rotting bark of Fagus sylvatica.
Klíčová slova
Polysphondylium pallidum, in vitro, E. coli, pH, kultivace, evropsky významná lokalita, Licea testudinacea, Lužické hory
Klíčová slova v angličtině
Polysphondylium pallidum, in vitro, E. coli, pH, growth effect, Special Area of Conservation, Licea testudinacea, Lusatian Mountains
Rozsah průvodní práce
82 s. ( 85 213 znaků)
Jazyk
CZ
Anotace
Diplomová práce zahrnuje 2 hlavní aktivity: 1) optimalizaci kultivačních podmínek Polysphondylium pallidum jako modelového taxonu in vitro a 2) terénní průzkum diverzity myxomycetů na modelové lokalitě.
Práce zaměřené na optimalizaci kultivačních podmínek byly provedeny v laboratoři a zahrnovaly studium vlivu pH živného media, vliv bakterie E. coli jako zdroje výživy, vliv světelných podmínek a vliv teploty na růst Polysphondylium pallidum.
Výsledkem optimalizace kultivačních podmínek byl optimální růst kultury Polysphondylium pallidum na ovesném živném mediu při hodnotě pH 7 a při teplotě prostředí 23°C. Přítomnost bakterie E. coli podstatným způsobem měnila růst kultury. Vliv světelných podmínek nebyl zcela prokázán.
Byl prováděn terénní průzkum výskytu myxomycetů na území evropsky významné lokality Horní Kamenice mezí obcí Mlýny a městem Česká Kamenice a evropsky významné lokality Studenec. Obě lokality jsou součástí CHKO Lužické hory. Na lokalitách bylo celkem nalezeno 12 druhů hlenek. K nejčastěji nalezeným druhům patří Arcyria cinerea, Stemonitis fusca a Ceratiomyxa fruticulosa var. fruticulosa. Většina druhů rostla na borce listnatých stromů. Ojedinělým nálezem je druh Licea testudinacea, o němž dosud není žádný záznam o výskytu v České republice. Zmiňovaný druh byl vypěstován ve vlhké komůrce na tlející borce Fagus sylvatica
Anotace v angličtině
The diploma thesis includes 2 main activities: 1) optimization of cultivation conditions of Polysphondylium pallidum as a model taxon in the in vitro environment and 2) field research of slime mold diversity in a model locality.
The optimization of the cultivation conditions was carried out in the laboratory and included the study of the effect of pH of nutrient medium, the effect of E. coli as a source of nutrition, the influence of light conditions and the influence of temperature on the growth of culture of Polysphondylium pallidum.
This work resulted in optimal growth of the culture on oat nutrient medium at pH 7 under the temperature 23 °C. E. coli substantially affectedthe growth of Polysphondylium pallidum culture. The effect of the light conditions has not been fully demonstrated.
The field survey of the occurrence of myxomycetes was carried out in the territory of Special Area of Conservation Horní Kamenice between the towns Mlýny and Česká Kamenice and Special Area of Conservation Studenec. Both sites are parts of the CHKO Lužické hory (Lusatian Mountains). A total of 12 slime mold species were found at the mentioned localities. The most commonly found species include Arcyria cinerea, Stemonitis fusca andCeratiomyxa fruticulosa var. fruticulosa. Most species grew on the bark of deciduous trees. A unique finding is the species Licea testudinacea. This species still has no record of occurrence in the Czech Republic. The species was grown in a humid chamber on a rotting bark of Fagus sylvatica.
Klíčová slova
Polysphondylium pallidum, in vitro, E. coli, pH, kultivace, evropsky významná lokalita, Licea testudinacea, Lužické hory
Klíčová slova v angličtině
Polysphondylium pallidum, in vitro, E. coli, pH, growth effect, Special Area of Conservation, Licea testudinacea, Lusatian Mountains
Zásady pro vypracování
1. Iniciální rešerše o kultivaci hlenek
2. Laboratorní kultivace Polysphondylium pallidum izolátů na bakterii E.coli JM109 jako zdroj výživy a pokus o získání dalších izolátů ze snadno kultivovaných hlenek
3. Izoláty získávány ze dvou lokalit: okolí vrchu Studenec a okolí obce Mlýny
4. Pokus o získání izolátů kultivovaných na mediích bez intaktních bakteriálních buněk(extrakt bakteriální kultury, kvasničný extrakt, definované medium s glukózou a aminokyselinami jako zdrojem organického dusíku).
5. Získané izoláty: pokus o zavedení prakticky použitelné metodiky studia jejich bakteriolytických schopností, které budou testovány měřením absorbance lyzované bakteriální kultury či homogenátu
Zásady pro vypracování
1. Iniciální rešerše o kultivaci hlenek
2. Laboratorní kultivace Polysphondylium pallidum izolátů na bakterii E.coli JM109 jako zdroj výživy a pokus o získání dalších izolátů ze snadno kultivovaných hlenek
3. Izoláty získávány ze dvou lokalit: okolí vrchu Studenec a okolí obce Mlýny
4. Pokus o získání izolátů kultivovaných na mediích bez intaktních bakteriálních buněk(extrakt bakteriální kultury, kvasničný extrakt, definované medium s glukózou a aminokyselinami jako zdrojem organického dusíku).
5. Získané izoláty: pokus o zavedení prakticky použitelné metodiky studia jejich bakteriolytických schopností, které budou testovány měřením absorbance lyzované bakteriální kultury či homogenátu
Seznam doporučené literatury
CLARK, J. a EF HASKINS. Plasmodial incompatibility in the myxomycetes: a review. Mycosphere. 2012, (3(2), 131-141.
CLARK, Jim, Edward F. HASKINS a Steven L. STEPHENSON. Culture and reproductive systems of 11 species of Mycetozoans. Mycologia. Lawrence: The mycological Society of Amerika, 2004, (96(1), 36-40.
CLARK, Jim. Plasmodial incompatibility in the myxomycete Didymium squamulosum. Mycologia. Lawrence: The Mycological Society of Amerika, 2003, (95(1), 24-26.
DANIEL, J.W. a H.P. RUSCH. The Pure Culture of Physarum polycphalum on a Partially Defined Soluble Medium. J. gen. Microbiol. Great Britain: Medical School, University of Wisconsin, 1961, (25), 47-59.
HOHL, Hans-Rudolf a Kenneth B. RAPER. Nutrition of cellular Slime Molds: Specific Growth Requirements of Polysphondylium pallidum. Journal of Bacteriology. Departments of Bacteriology and Botany, University of Wisconsin, 1963, (86(6), 1314-&.
HOHL, Hans-Rudolf a Kenneth B. RAPER. Nutrition of cellular Slime Molds: Growth of Polysphondylium pallidum in axenic culture. Journal of Bacteriology. Departments of Bacterilogy and Botany, University of Wisconsin, 1963, (85 ( 1), 199-&.
HOHL, Hans-Rudolf a Kenneth B. RAPER. Nutrition of cellular Slime Molds: Growth on living and dead bacteria. Journal of Bakteriology. Departments of Bacteriology and Botany, University of Wisconsin, 1963(85(1), 191 - &.
LAUSSMANN, Tim, Claudia PIKZACK, Ulrich THIEL, Georg W. MAYR a Günter VOGEL. Dihospho-myo-inositol phosphates during the life cycle of Dictyostelium and Polysphondylium. Eur.J.Biochem. FEBS, 2000, (267), 2447-2451.
LV DONG XIA, WANG XIAO LI, LI CHEN a LI YU. Observation of spore germination in Physarum globuliferum. African Journal of microbiology Research. 2013, (7(26), 3412-3415.
PU LIU, QI WANG a YU LI. Spore-to-spore agar culture of the myxomycete Physarum globuliferum. Arch Microbiol. Springer-Verlag, 2010(192), 97-101. DOI: 10.1007/s00203-009-0533-4.
TOAMA, Mohamed A. a Kenneth B. RAPER. Microcysts of the Cellular Slime Mold: Factors Influencing Microcyst Formation. Journal of Bacteriology. American Society for Microbiology, 1967, (94 (4), 1143-1149.
WINSETT, Katherine E. Inraspecific variation in response to spore-to-spore cultivation in the myxomycete, Didymium squamulosum. Mycosphere. 2011, (2(5), 555-564.
WRIGLEY DE BASANTA, D., C. LADO a A. ESTRADA-TORRES. Spore to spore culture of Didymium operculatum, a new Myxomycete from the Atacama Desert of Chile. Mycologia. Lawrence: The Mycological Society of Amerika, 2011(103(4), 895-903. DOI: 10.3852/10-363.
Seznam doporučené literatury
CLARK, J. a EF HASKINS. Plasmodial incompatibility in the myxomycetes: a review. Mycosphere. 2012, (3(2), 131-141.
CLARK, Jim, Edward F. HASKINS a Steven L. STEPHENSON. Culture and reproductive systems of 11 species of Mycetozoans. Mycologia. Lawrence: The mycological Society of Amerika, 2004, (96(1), 36-40.
CLARK, Jim. Plasmodial incompatibility in the myxomycete Didymium squamulosum. Mycologia. Lawrence: The Mycological Society of Amerika, 2003, (95(1), 24-26.
DANIEL, J.W. a H.P. RUSCH. The Pure Culture of Physarum polycphalum on a Partially Defined Soluble Medium. J. gen. Microbiol. Great Britain: Medical School, University of Wisconsin, 1961, (25), 47-59.
HOHL, Hans-Rudolf a Kenneth B. RAPER. Nutrition of cellular Slime Molds: Specific Growth Requirements of Polysphondylium pallidum. Journal of Bacteriology. Departments of Bacteriology and Botany, University of Wisconsin, 1963, (86(6), 1314-&.
HOHL, Hans-Rudolf a Kenneth B. RAPER. Nutrition of cellular Slime Molds: Growth of Polysphondylium pallidum in axenic culture. Journal of Bacteriology. Departments of Bacterilogy and Botany, University of Wisconsin, 1963, (85 ( 1), 199-&.
HOHL, Hans-Rudolf a Kenneth B. RAPER. Nutrition of cellular Slime Molds: Growth on living and dead bacteria. Journal of Bakteriology. Departments of Bacteriology and Botany, University of Wisconsin, 1963(85(1), 191 - &.
LAUSSMANN, Tim, Claudia PIKZACK, Ulrich THIEL, Georg W. MAYR a Günter VOGEL. Dihospho-myo-inositol phosphates during the life cycle of Dictyostelium and Polysphondylium. Eur.J.Biochem. FEBS, 2000, (267), 2447-2451.
LV DONG XIA, WANG XIAO LI, LI CHEN a LI YU. Observation of spore germination in Physarum globuliferum. African Journal of microbiology Research. 2013, (7(26), 3412-3415.
PU LIU, QI WANG a YU LI. Spore-to-spore agar culture of the myxomycete Physarum globuliferum. Arch Microbiol. Springer-Verlag, 2010(192), 97-101. DOI: 10.1007/s00203-009-0533-4.
TOAMA, Mohamed A. a Kenneth B. RAPER. Microcysts of the Cellular Slime Mold: Factors Influencing Microcyst Formation. Journal of Bacteriology. American Society for Microbiology, 1967, (94 (4), 1143-1149.
WINSETT, Katherine E. Inraspecific variation in response to spore-to-spore cultivation in the myxomycete, Didymium squamulosum. Mycosphere. 2011, (2(5), 555-564.
WRIGLEY DE BASANTA, D., C. LADO a A. ESTRADA-TORRES. Spore to spore culture of Didymium operculatum, a new Myxomycete from the Atacama Desert of Chile. Mycologia. Lawrence: The Mycological Society of Amerika, 2011(103(4), 895-903. DOI: 10.3852/10-363.