Tato práce je zaměřena na zjištění výskytu metanogenních archeí v zažívacím traktu goril nížinných a horských. V první části je pojednáno obecně o gorilách, jejich výskytu, morfologii, stravě v přirozeném prostředí a při chovu v zoologických zahradách, a o složení a mikrobiálním osídlení jejich zažívacího traktu. První část také pojednává o metanogenních archeích, jejich systematice a vlastnostech a základních molekulárně genetických metodách.
Druhá část práce je zaměřena na metodiku výzkumu výskytu metanogenů v trávicí soustavě goril nížinných a goril horských vybranými metodami molekulární biologie.
Cílem práce bylo zjistit, zda se v trávicím traktu goril nížinných a horských žijících ve volné přírodě vyskytují metanogenní archea a jaké je jejich taxonomické zařazení. Celkem bylo analyzováno 14 vzorků DNA izolovaných z trusu goril nížinných a goril horských, ale jen 6 vzorků bylo dále analyzováno. Sekvenační analýzou bylo prokázáno, že detekované metanogeny jsou blízce příbuzné kultivovaným druhům Methanobrevibacter smithi. Ostatní detekované metanogeny reprezentují nekultivované klony blízce příbuzné klonům vyskytujícím se v zažívacím traktu orangutana, krávy, prasete, yaka a také člověka.
Vzorky byly zkoumány pomocí molekulárně-genetických postupů, jako jsou denaturační gradientová gelová elektroforéza (DGGE) a polymerázová řetězová reakce (PCR). Pomocí sekvenační analýzy 16S rDNA byli identifikovány metanogeny v zažívacím traktu goril.
Anotace v angličtině
This work is focused on detecting the presence of methanogenic archaea in the digestive tract of lowland and mountain gorillas. The first part deals generally about gorillas, their occurrence, morphology, diet and the natural environment for breeding in zoos, and the composition and microbial colonization of the digestive tract. The first part also discusses the methanogenic Archaea, their scheme and basic properties and molecular genetic methods.
The second part focuses on the research methodology incidence of methanogens in the digestive tract of lowland gorillas and mountain gorillas selected methods of molecular biology.
The aim of the study was to determine whether the digestive tract of lowland and mountain gorillas living in the wild methanogenic archaea and what is their taxonomic classification. A total of 14 samples were analyzed DNA isolated from the feces of lowland gorillas and mountain gorillas, but only 6 samples were further analyzed. Sequencing analysis showed that the detected methanogens are closely related to the cultivated species Methanobrevibacter smithii. Other detected methanogens represent wild-type clones closely related clones occurring in the digestive tract, orangutan, cow, pig, yak and humans.
Samples were examined using molecular genetic techniques, such as denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and polymerase chain reaction (PCR). Using sequencing analysis of the 16S rDNA were identified methanogens in the digestive tract gorillas.
methanogens, gorillas, gastrointestinal tract, molecular-genetic methods, denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), polymerase chain reaction (PCR), DNA sequencing
Rozsah průvodní práce
116
Jazyk
CZ
Anotace
Tato práce je zaměřena na zjištění výskytu metanogenních archeí v zažívacím traktu goril nížinných a horských. V první části je pojednáno obecně o gorilách, jejich výskytu, morfologii, stravě v přirozeném prostředí a při chovu v zoologických zahradách, a o složení a mikrobiálním osídlení jejich zažívacího traktu. První část také pojednává o metanogenních archeích, jejich systematice a vlastnostech a základních molekulárně genetických metodách.
Druhá část práce je zaměřena na metodiku výzkumu výskytu metanogenů v trávicí soustavě goril nížinných a goril horských vybranými metodami molekulární biologie.
Cílem práce bylo zjistit, zda se v trávicím traktu goril nížinných a horských žijících ve volné přírodě vyskytují metanogenní archea a jaké je jejich taxonomické zařazení. Celkem bylo analyzováno 14 vzorků DNA izolovaných z trusu goril nížinných a goril horských, ale jen 6 vzorků bylo dále analyzováno. Sekvenační analýzou bylo prokázáno, že detekované metanogeny jsou blízce příbuzné kultivovaným druhům Methanobrevibacter smithi. Ostatní detekované metanogeny reprezentují nekultivované klony blízce příbuzné klonům vyskytujícím se v zažívacím traktu orangutana, krávy, prasete, yaka a také člověka.
Vzorky byly zkoumány pomocí molekulárně-genetických postupů, jako jsou denaturační gradientová gelová elektroforéza (DGGE) a polymerázová řetězová reakce (PCR). Pomocí sekvenační analýzy 16S rDNA byli identifikovány metanogeny v zažívacím traktu goril.
Anotace v angličtině
This work is focused on detecting the presence of methanogenic archaea in the digestive tract of lowland and mountain gorillas. The first part deals generally about gorillas, their occurrence, morphology, diet and the natural environment for breeding in zoos, and the composition and microbial colonization of the digestive tract. The first part also discusses the methanogenic Archaea, their scheme and basic properties and molecular genetic methods.
The second part focuses on the research methodology incidence of methanogens in the digestive tract of lowland gorillas and mountain gorillas selected methods of molecular biology.
The aim of the study was to determine whether the digestive tract of lowland and mountain gorillas living in the wild methanogenic archaea and what is their taxonomic classification. A total of 14 samples were analyzed DNA isolated from the feces of lowland gorillas and mountain gorillas, but only 6 samples were further analyzed. Sequencing analysis showed that the detected methanogens are closely related to the cultivated species Methanobrevibacter smithii. Other detected methanogens represent wild-type clones closely related clones occurring in the digestive tract, orangutan, cow, pig, yak and humans.
Samples were examined using molecular genetic techniques, such as denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and polymerase chain reaction (PCR). Using sequencing analysis of the 16S rDNA were identified methanogens in the digestive tract gorillas.
methanogens, gorillas, gastrointestinal tract, molecular-genetic methods, denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), polymerase chain reaction (PCR), DNA sequencing
Zásady pro vypracování
1. Vypracovat literární rešerši zaměřenou na fyziologické procesy v trávicím traktu goril, zprostředkované mikroflórou.
2. Na základě odborné literatury zpracovat problematiku významu metanogenních archeí.
3. Prostřednictvím molekulárně-genetických metod ověřit výskyt metanogenů ve vzorcích trusu goril nížinných a horských.
Zásady pro vypracování
1. Vypracovat literární rešerši zaměřenou na fyziologické procesy v trávicím traktu goril, zprostředkované mikroflórou.
2. Na základě odborné literatury zpracovat problematiku významu metanogenních archeí.
3. Prostřednictvím molekulárně-genetických metod ověřit výskyt metanogenů ve vzorcích trusu goril nížinných a horských.
Seznam doporučené literatury
C. R. Woese & G. E. Fox, 1977. Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74: 5088-5090.
T. D. Brock, M. T. Madigan, J. M. Martinko, & J. Parker. 1994. Biology of Microorganisms, 7th ed. (New Jersey: Prentice Hall).
W. Ford Doolittle. 1992. What are the archaebacteria and why are they important? Biochemical Society Symposium 58: 1-6.
G. E. Fox, L. J. Magrum, W. E. Balch, R. S. Wolfe, & C. R. Woese, 1977. Classification of methanogenic bacteria by 16S ribosomal RNA characterization. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74: 4537-4541.
K. Horikoshi & W. D. Grant (eds.). 1998. Extremophiles -- Microbial Life in Extreme Environments (New York: Plenum).
John L. Howland. 2000. The Surprising Archaea (New York & Oxford: Oxford University Press).
M. T. Madigan & B. L. Marrs, 1997. Extremophiles. Scientific American (Apr): 82-87.
C. R. Woese, 1981. Archaebacteria. Scientific American (Jun): 98-122.
T. D. Brock, M. T. Madigan, J. M. Martinko, & J. Parker. 1994. Biology of Microorganisms, 7th ed. (New Jersey: Prentice Hall).
John L. Howland. 2000. The Surprising Archaea (New York & Oxford: Oxford University Press).
M. Kates, D. J. Kushner, & A. T. Matheson (eds.). 1993. The Biochemistry of Archaea (Archaebacteria) (Amsterdam: Elsevier Science Publishers.
Lubert Stryer. 1988. Biochemistry, 3rd ed. (New York: W. H. Freeman and Company).
Seznam doporučené literatury
C. R. Woese & G. E. Fox, 1977. Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74: 5088-5090.
T. D. Brock, M. T. Madigan, J. M. Martinko, & J. Parker. 1994. Biology of Microorganisms, 7th ed. (New Jersey: Prentice Hall).
W. Ford Doolittle. 1992. What are the archaebacteria and why are they important? Biochemical Society Symposium 58: 1-6.
G. E. Fox, L. J. Magrum, W. E. Balch, R. S. Wolfe, & C. R. Woese, 1977. Classification of methanogenic bacteria by 16S ribosomal RNA characterization. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74: 4537-4541.
K. Horikoshi & W. D. Grant (eds.). 1998. Extremophiles -- Microbial Life in Extreme Environments (New York: Plenum).
John L. Howland. 2000. The Surprising Archaea (New York & Oxford: Oxford University Press).
M. T. Madigan & B. L. Marrs, 1997. Extremophiles. Scientific American (Apr): 82-87.
C. R. Woese, 1981. Archaebacteria. Scientific American (Jun): 98-122.
T. D. Brock, M. T. Madigan, J. M. Martinko, & J. Parker. 1994. Biology of Microorganisms, 7th ed. (New Jersey: Prentice Hall).
John L. Howland. 2000. The Surprising Archaea (New York & Oxford: Oxford University Press).
M. Kates, D. J. Kushner, & A. T. Matheson (eds.). 1993. The Biochemistry of Archaea (Archaebacteria) (Amsterdam: Elsevier Science Publishers.
Lubert Stryer. 1988. Biochemistry, 3rd ed. (New York: W. H. Freeman and Company).