|
Vyučující
|
-
Malý Marek, doc. RNDr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Hlavní tematické okruhy: Rekapitulace principů molekulového modelování - molekulární mechanika, geometrická optimalizace molekulárních systémů ( minimalizace potenciální energie), molekulární dynamika; Výpočty vazebných energií, výpočty vazebných kapacit, strukturní charakterizace. Modelování ve vývoji nových lékových forem s gelovými či polymerními (lineární, větvené, či hypervětvené (např. dendrimery)) nosiči molekul léčiv (včetně oligonukleotidů pro genové terapie) Modelování interakcí léčiv s proteiny Modelování interakcí dendrimerů s povrchovými HIV proteiny či relevantními buněčnými receptory popř. s Amyloid či prion peptidy aj. Modelování molekulárních konjugátů např. dendrimer-peptid, dendrimer-kyselina hyaluronová (aktivní cílení léčiv) Modelování interakcí jednotlivých molekul (např. peptid, polymer ) či biomolekulárních komplexů (např. polyplexů) s lipidickou dvojvrstvou (relevantní pro transport léčiv či vývoj antibakteriálních látek). Vývoj sorbentů na bázi interkalovaných struktur a hybridních organo-anorganických kompozitních nanostruktur. Modelování v oblasti nanovláken - primární polymerní směsi, povrchy nanovláken a jejich interakce s mikrobicidními molekulami aj. (přímá spolupráce s NANOVIA, Nano Medical, Contipro)
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
nespecifikováno
|
|
Výstupy z učení
|
Počítačové modelování nanostruktur je zaměřeno na využití molekulárních simulací v aplikovaných nanotechnologiích. Po úvodním vysvětlení základních principů molekulárního modelování, tj. modelování molekulárních systémů pomocí empirických silových polí, je pozornost věnována praktickému využití těchto výpočtů, včetně modelování nanostruktur s aplikačním potenciálem a to zejména v oblastech, v rámci kterých PřF UJEP dlouhodobě spolupracuje s tuzemskými i zahraničními vědeckými pracovišti, ale i českými komerčními partnery. Hlavní důraz je tedy kladen na osvojení praktických dovedností, spočívajících ve využívání relevantního software pro tvorbu, simulace a analýzy modelů molekulárních systémů s cílem vhodně doplnit informace získané experimentálními metodami a zefektivnit tak výzkum např. v níže uvedených oblastech.
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
nespecifikováno
Protokol z vlastní praktické úlohy
|
|
Doporučená literatura
|
|