|
Vyučující
|
-
Malý Marek, doc. RNDr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Kromě praktické práce se simulačním softwarem jsou studenti na odpovídající úrovni obeznámeni i se základy teorie molekulového modelování - molekulární mechaniky a klasické molekulární dynamiky, včetně optimalizační strategie. Bude probrána strategie modelování, zejména tvorba iniciálních modelů - založená na dostupných experimentálních datech, převážně z difrakce a IR spektroskopie. Příklady pro výpočetní cvičení budou pokrývat tyto hlavní oblasti materiálového výzkumu: modelování struktur interkalátů polymerních i dendrimerických nosičů léčiv modelování nanokompozitů - hybridních organo-inorganických struktur modelování sorpce v zeolitech modelování strukturních fázových přechodů v molekulárních krystalech konformační analýza molekul pomocí klasické molekulární dynamiky. Tyto příklady budou dále rozšiřovány podle potřeb výzkumných týmů na fakultě, tak aby umožńovaly studentům, zvolit si úlohu podle zaměření své diplomové práce.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
nespecifikováno
|
|
Výstupy z učení
|
Náplní tohoto kurzu je počítačové modelování funkčních nanostruktur a nanokompozitů. Studenti zde pracují s profesionálními simulačními balíky, které umožňují vytváření realistických molekulárních modelů, na základě atomistického modelování pomocí empirických silových polí. Cílem kurzu je seznámit posluchače s velmi zajímavou a atraktivní metodikou, která v dnešní době tvoří již neodmyslitelnou součást materiálového výzkumu. Tento kurz vznikl v rámci projektu CZ.1.07/2.2.00/28.0296 "Mezioborové vazby a podpora praxe v přírodovědných a technických studijních programech UJEP"
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
nespecifikováno
|
|
Doporučená literatura
|
-
Alan Hinchliffe. Molecular Modelling for Beginners, second edition, Wiley, 2008. ISBN 978-0-470-51314-9.
-
1. Andrew R. Leach. Molecular Modelling: Principles and Applications.
-
3. Daan Frenkel and Berend Smit. Understanding Molecular Simulation .
-
4. Comba, T,W.Hambley. Molecular modeling.
-
5. Materials Studio. Amber, UCSF Chimera, VMD.
-
6. Interní výukové texty jako návody na výpočetní praktikum. uložené na katedře fyziky PřF UJEP.
|