|
Vyučující
|
-
Lísal Martin, prof. Ing. DSc.
|
|
Obsah předmětu
|
The course is primarily for students dealing with computer simulations of dynamic properties of molecular systems and their behaviour in- and out-of-equilibrium, as a part of student?s PhD theses. The course deepens and advances student?s knowledge and skills in molecular dynamics (MD): - MD in various ensembles, numerical integration of the equations of motion (SHAKE/RATTLE and RESPA algorithms). - MD simulations of transport properties (viscosity, conductivity). - Parinello-Rahman MD (NPT MD with changing box-shape): the equations of motion for atomic and molecular crystals, and their numerical integration; interaction potentials of atoms in crystals. - MD simulations of atomic and molecular crystals: simulations of mechanical properties and phase transitions. - Nonequilibrium MD simulations of atomic and molecular crystals: shock response and pressure waves in crystals. - Nonequilibrium MD and its application to simulations of transport properties (viscosity, conductivity). - Thermophoresis and Soret effects. - Poiseuille flow and fluid transport in confinement. - Couette flow. - Osmotic and diffusio-osmotic flow.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
nespecifikováno
|
|
Výstupy z učení
|
Kurz je určený zejména studentům, kteří se v rámci své dizertační práce zabývají počítačovými simulacemi dynamických vlastností molekulárních soustav a jejich chováním mimo termodynamickou rovnováhu. Kurz prohlubuje a rozšiřuje studentovy znalosti a dovednosti v oblasti metod molekulární dynamiky (MD): - MD v různých statistických souborech a řešení pohybových rovnic (SHAKE/RATTLE a RESPA algoritmy). - MD simulace transportních vlastností (viskozita, vodivost). - Parinellova-Rahmanova MD (NPT MD se změnou tvaru simulačního boxu): pohybové rovnice pro atomární a molekulární krystaly a jejich numerické řešení; interakční potenciály atomů v krystalech. - MD simulace atomárních a molekulárních krystalů: simulace mechanických vlastností a fázových přechodů. - Nerovnovážné MD simulace atomárních a molekulárních krystalů: šíření rázů v krystalech. - Nerovnovážná MD a její použití pro simulaci transportních vlastností (viskozita, vodivost). - Teplotní difuze a Soretův koeficient. - Poiseuilleho proudění a transport v pórech. - Couettovo proudění. - Osmotické a difuzně-osmotické proudění.
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
nespecifikováno
|
|
Doporučená literatura
|
|