|
Vyučující
|
-
Gryndler Milan, prof. doc. RNDr. CSc.
|
|
Obsah předmětu
|
Součástí výuky předmětu budou následující témata: 1) Úvodní charakteristika předmětu, zásady práce v molekulárně genetické laboratoři, design experimentu 2) Praktické cvičení č. 1 - Nácvik laboratorní praxe 3) Extrakce a purifikace DNA z mikrobiálních kultur a z půdy (teoretická část), polymerázová řetězová reakce (PCR) jako nástroj molekulárně genetických metod (teoretická část), selektivní DNA primery 4) Praktické cvičení č. 2 - Extrakce a purifikace environmentální a mikrobiální DNA, PCR 5) Purifikace produktu PCR, gelová elektroforéza, restrikční štěpení (teoretická část), gradientová gelová elektroforéza DGGE a TGGE 6) Praktické cvičení č. 3 - Purifikace produktu PCR, gelová elektroforéza 7) Pokročilejší metody analýzy amplikonu: RFLP, T-RFLP, RAPD. Ligace fragmentů DNA. AFLP. 8) Praktické cvičení č. 4 - Restrikční analýza 9) Sekvenování: Sangerova metoda a masivně paralelní sekvenační metody. Využití sekvenování při identifikaci mikroorganismů. 10) Analýza sekvenčních dat v ekologii mikroorganismů 11) Klonování DNA, klonovací vektory, exprese cizorodých genů, expresní vektory E. coli a kvasinek 12) Příklady molekulárně genetické analýzy mikrobiálních společenstev I. 13) Příklady molekulárně genetické analýzy mikrobiálních společenstev II.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
nespecifikováno
|
|
Výstupy z učení
|
Mikrobiální společenstva (například v půdě, v sedimentech, kompostech a pod.) často vykazují vysokou taxonomickou diverzitu a mohou být studována různými metodami, mezi ně patří například metody kultivační a metody molekulárně genetické. Nevýhodou tradičních kultivačních metod je silná tendence preferovat snadněji kultivovatelné mikroorganismy, přičemž pomaleji rostoucí organismy příp. organismy tvořící méně rozmnožovacích částic jsou znevýhodněny a nekultivovatelné organismy nejsou zachyceny vůbec. Molekulárně genetické metody detekce nejsou závislé na kultivačních vlastnostech mikroorganismů, protože detegují genetickou informaci jednotlivých taxonů ve společenstvu. Cílem kursu je seznámit posluchače s možnostmi a omezeními molekulárně genetických metod a podat základní praktické návody pro jejich aplikaci. Tento kurz byl inovován v rámci projektu CZ.1.07/2.2.00/28.0296 "Mezioborové vazby a podpora praxe v přírodovědných a technických studijních programech UJEP"
|
|
Předpoklady
|
Předpokládá se znalost molekulární genetiky.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
nespecifikováno
|
|
Doporučená literatura
|
-
Laboratorní protokoly vytvořené pro potřeby výuky vyučujícím.
-
Ruml T. Laboratoře z genového inženýrství. VŠCHT. 1997.
-
Vodrážka, Z. Biotechnologie. Academia, Praha,. 1992.
-
Vondrejs V. Genové inženýrství I a II. Karolinum, Praha. 2001.
-
Zima, T. a kol. Laboratorní diagnostika, Galén, 2002.
|