|
Vyučující
|
|
|
|
Obsah předmětu
|
1. Úvod, typy molekulárních dat 2. DNA sekvence - maximum parsimony 3. DNA sekvence - maximum likelihood 4. DNA sekvence - Bayesian inference 5. Úvod do koalescenčního modelování 6. Distanční metody, fylogenetické sítě 7. Analýza multilokusových dominantních markerů (AFLP, ISSR, RAPD, RFLP) 8. Analýza multilokusových kodominantních markerů (mikrosatelity - SSR) 9. Analýza multilokusových kodominantních markerů (single nucleotide polymorphism - SNP) 10. Klastrovací algoritmy (Structure, DAPC apod.) 11. Vyhodnocování next generation sequencing (NGS) dat 12. Úvod do analýzy molekulárních dat u polyploidů
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
nespecifikováno
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem kurzu je seznámit posluchače se základními metodami a technikami vyhodnocování genetických dat a s využitím molekulárně biologických dat v systematice a navazujících biologických oborech.
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
nespecifikováno
Zápočet prokazující zvládnutí práce s probíraným softwarem pro genetické analýzy, schopnost samostatně vyhodnotit předložený dataset dle zadání a základní orientaci v interpretaci získaných výsledků.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Cvrčková Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky, Academia, (2006).
-
Felsenstein, Joseph. Inferring Phylogenies. 2004. ISBN 9780878931774.
-
Jones N. C., et al. An introduction to bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004.. ISBN 9780262101066.
-
Liegertová M. Úvod do bioinformatiky pro biology. Ústí nad Labem, 2020. (dostupné online přes IS Moodle).
|