Molekulární simulace roztoků elektrolytů (Doc. RNDr. Filip Moučka, Ph.D.) 1. Elektrolyty a jejich roztoky: klasifikace elektrolytů, střední chemický potenciál, iontová síla, aktivitní koeficienty, rozpustnost, autodifuze, dielektrická konstanta; mikroskopické modely (primitivní, explicitní). 2. Simulace krystalických elektrolytů: výpočet mechanických vlastností a chemických potenciálů krystalů. 3. Simulace fázových rovnováh roztoků silných elektrolytů: výpočet chemických potenciálů elektrolytu i rozpouštědla; stanovení rozpustnosti přímými a termodynamickými metodami. 4. Simulace roztoků v elektrických polích: simulace elektrosmáčení, elektrozvlákňování, elektrosprayingu. Molekulární simulace polymerních soustav (RNDr. Zbyšek Posel, Ph.D.): 1. Polymery a jejich modelování: definice polymerů, jejich dělení, oblasti použití, moderní trendy; ideální a reálný model polymeru; mesoskopický model polymeru a disipativní částicová dynamika 2. Simulační programu DL_MESO. 3. Mesoskopické modelování homopolymerů v rozpouštědle: dynamika polymerů v roztocích, Rouseho a Zimmův model; termodynamika polymerů v roztocích a taveninách, fázové diagramy; měření dynamických veličin a korelačních časů. 4. Mesoskopické modelování kopolymerů v taveninách: samoorganizace kopolymerů v taveninách a roztocích; mesoskopické modely kopolymerů; mesoskopické modelování samoorganizace diblokových kopolymerů v taveninách. Biomolekulární simulace (RNDr. Marek Malý, Ph.D.) 1. Biomolekuly a jejich modelování: implicitní a explicitní modely rozpouštědel, metody získávání modelů (parciální náboj a metody jeho výpočtu), strukturní/velikostní charakteristiky biomolekul (radiální distribuční funkce, gyrační poloměr, Root-mean-square deviation), Gibbsova volná vazebná energie a vybrané metody jejího výpočtu (MM-PBSA, TI). 2. Simulační programy Amber a Materials Studio. 3.-5. Molekulární simulace proteinů, nukleových kyselin, lipidů.
|