Předmět: Informační technologie v biologických vědách II

» Seznam fakult » PRF » KBI
Název předmětu Informační technologie v biologických vědách II
Kód předmětu KBI/KIT2
Organizační forma výuky Cvičení
Úroveň předmětu Bakalářský
Rok studia nespecifikován
Semestr Zimní
Počet ECTS kreditů 2
Vyučovací jazyk Čeština
Statut předmětu Povinně-volitelný
Způsob výuky nespecifikováno
Studijní praxe nespecifikováno
Doporučené volitelné součásti programu Není
Vyučující
  • Štofik Marcel, Mgr. Ph.D.
Obsah předmětu
Kurz je tvořen pracovními semináři, jejichž obsahem bude: " Instalace a samostatná práce s programem R a programy, které mohou sloužit na obsluhu programu R nebo psaní skriptů (například StudioR). " Instalace a práce s novými programovými balíčky. " Práce s nápovědou programu a tvorba skriptů, které jsou základem práce s programem R. " Úprava a použití vybraných typů objektů programu R pro manipulaci s daty. Bude mezi ně patřit zejména vektor, matice (pole), seznam a datová tabulka. " Psaní vlastních funkcí a používání cyklů a podmínek využitelných při zpracování dat. " Zvládnutí základních a pokročilejších grafických funkcí (high- a low-level funkce) pro různé modifikace grafů. Studenti se naučí vytvářet různé modifikace grafů. " Ukázka vybraných postupů pro zpracování a vyhodnocení experimentálně naměřených dat (manipulace s daty v tabulkovém uspořádání, způsoby vyhodnocení experimentálních dat a závislostí, prokládání křivek, zpracování obrazových dat, popisná statistická analýza apod.). " Ukázka komerčních programů pro zpracování dat (zkušební verze programu SigmaPlot nebo GraphPad Prism) a srovnání s programem R.

Studijní aktivity a metody výuky
nespecifikováno
Výstupy z učení
Kurz je zaměřen na zvládnutí samostatné práce s programem R a základů jazyka R. Zvládnutím práce s programem R se studenti seznámí s pokročilejšími způsoby úprav a zpracování vybraných experimentálních dat, včetně přípravy grafických výstupů (grafy/obrázky). V průběhu kurzu budou studenti seznámeni i se základními možnostmi, které program R poskytuje pro statistickou analýzu.

Předpoklady
Student umí samostatně pracovat s osobním počítačem, umí instalovat doporučené programy a zvládá pasivně používat anglický jazyk na základní až pokročilé úrovni.

Hodnoticí metody a kritéria
nespecifikováno
Kontrola zvládnutí obsahu učiva bude provedena průběžně formou individuálních prací. Zápočet bude udělen za účast na cvičeních, vypracování zadaných úkolů a splnění zápočtového testu. Předpokladem pro absolvování studijního předmětu je schopnost samostatné práce s osobním počítačem, a alespoň pasivní znalost anglického jazyka na základní až pokročilé úrovni.
Doporučená literatura
  • Bergeron B. Bioinformatics Computing. Pearson Education, Inc.. 2003.
  • Brož, M. Microsoft Office Excel 2003 Podrobná uživatelská příručka.. CP Books, 2004.
  • Brož, M. Microsoft Office Word 2003 Podrobná uživatelská příručka..
  • Broža P. Notebook Praktická příručka uživatele.. CP Books, 2005.
  • Černý, J. Domácí internet.. CP Books, 2005.
  • Flegr J. Evoluční biologie.. Academia Praha, 2005.
  • Hlavenka, J. a kolektiv. Velká kniha vypalování CD a DVD.. CP Books, 2005.
  • Kolektiv autorů. S počítačem do Evropy - ECDL. Computer Press, Brno, 2004.
  • Lindner, P. Myška, M. Tůma, T. Velká kniha digitální fotografie.. CP Books, 2005.
  • Long, B. Schenk, S. Velká kniha digitálniho videa.. CP Books, 2005.
  • Magera, I. Microsoft Office PowerPoint 2003 Podrobná uživatelská příručka.. CP Books, 2005.
  • Městecký, M. Microsoft Office Outlook 2003 Podrobná uživatelská příručka.. CP Books, 2004.
  • Morkes, D. Microsoft Office Access 2003 Podrobná uživatelská příručka.. CP Books, 2004.
  • Mueller, S. Osobní počítač - hardware, upgrade, opravy. Computer Press, Praha, 2003.
  • Rosypal S. a kol. Úvod do molekulární biologie I.-III. Academia, Praha. 2000.
  • Vodrážka Z. Biochemie, Academia, Praha. 1992.
  • Vodrážka Z., Rauch P., Káš J. Enzymologie. VŠCHT Praha. 1998.
  • Voet D., Voet J. Biochemistry. 3rd Edition. John Wiley&Sons, Ind.. 2005.
  • Whitford D. Proteins: Structure and Function. John Wiley & Sons, Ind.. 2005.
  • Zvára K. Biostatistika. Karolinum. 2003.


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru/specializace Doporučený ročník Doporučený semestr